东方医院筹建于1986年，于1999年12月12日正式开业，是北京中医药大学第二临床医学院，国家中医药管理局直管单位，国家中医临床研究基地建设单位，是一所特色明显、功能齐全、设备，集医疗、教学、、预防和健康咨询为一体的三级甲等中医医院，是直属教育部管理、进入国家“211工程”建设的北京中医药大学所属附属医院，北京市医疗保险定点医院。2011年6月，北京中医药大学东方医院正式接收北京二七机车厂医院，命名为北京中医药大学东方医院西院区（二七院区）。2015年5月25日东方医院正式签约大兴南院区，命名为北京中医药大学东方医院南院区（经开区院区）。医院现为一院三区：即东方医院方庄院区、东方医院西院区（二七院区）、东方医院南院区（经开区院区）。总占地面积5.68万平方米，总建筑面积12.43万平方米。

东方医院目前编制床位为1377张，其中：方庄院区开放编制800张（目前实际开放736张）；西院区编制床位375张；南院区编制床位202张，将逐步开放。医院现有专业技术人员305名；博士生导师31名、硕士生导师89名；享受政府特殊专家4名；首都国医名师4名；国家中医药专家学术经验继承工作指导老师9名；北京市老中医药专家学术经验继承工作指导老师9名。医院设有临床、医技科室39个，采取以中医为主、中西医结合的诊疗模式。